अप्रैल 1944 में कलकत्ता आयुक्तालय के अन्तर्गत शिलांग मंडल कार्यालय के सृजन के साथ चाय और सुपारी पर उत्पाद शुल्क सर्वेक्षण उत्तर पूर्व क्षेत्र में केन्द्रीय उत्पाद शुल्क की अवधारणा का आरंभिक कदम था।

केन्द्रीय उत्पाद शुल्क एवं सीमाशुल्क के कार्यों पर बेहतर एवं प्रभावी नियंत्रण हासिल करने के लिए 1 जून 1966 में समाहार्ता के आदेश संख्या 102/66 दिनांक 26.05.1966 द्वारा गुवाहाटी मंडल कार्यालय का गठन किया गया। उस समय गुवाहाटी मंडल कार्यालय के क्षेत्राधिकार के अन्तर्गत समूचा ग्वालपारा, गारो हिल्स, नोवगॉग जिला, मंगलदै उपमंडल और असम के दरंग जिले के तेजपुर उपमंडल के  ढ़ेकियाजुली  आरक्षी थाने आते थे।

वर्ष 1972 में तेजपुर और धुबरी में दो नए  मंडल कार्यालयों का सृजन करने के लिए समाहार्ता  के आदेश संख्या 94/72 दिनांक 16.06.1972  के द्वारा इसका पुनर्गठन  किया गया।

मुख्य समाहार्ता के आदेश संख्या 2/93 दिनांक 27.09.1993  द्वारा गुवाहाटी में  एक अलग सीमाशुल्क (निवारक) मंडल कार्यालय बनाने के लिए  गुवाहाटी स्थित एकीकृत केन्द्रीय उत्पाद शुल्क एवं सीमाशुल्क मंडल कार्यालय का पुनः पुनर्गठन किया गया।

वर्ष 01.12.2008 में गुवाहाटी केन्द्रीय उत्पाद शुल्क एवं सेवाकर आयुक्तालय, गुवाहाटी का मुख्यालय बना, जो देश में 94वां था। इसके अन्तर्गत पांच मंडल कार्यालय, गुवाहाटी केन्द्रीय उत्पाद शुल्क, गुवाहाटी सेवाकर, धुबरी केन्द्रीय उत्पाद शुल्क एवं सेवा कर, तेजपुर केन्द्रीय उत्पाद शुल्क एवं सेवा कर, ईटानगर केन्द्रीय उत्पाद शुल्क एवं सेवा कर बनाए गए। अधिसूचना संख्या 47/2008 केन्द्रीय उत्पाद शुल्क (एन.टी), दिनांक 01.12.2008 के द्वारा इन मंडल कार्यालयों के अन्तर्गत 32 रेंज बनाए गए जिनका प्रादेशिक क्षेत्राधिकार असम एवं अरूणाचल के मुख्य हिस्से, तथा मेधालय के कुछ हिस्से को मिलाकर 1,00,000 वर्ग किलोमीटर क्षेत्र तक का फैला हुआ है।